依法依纪查处腐败案件，是惩治腐败最直接最有效的手段。中国共产党和中国政府坚持在法律和纪律面前人人平等，严肃查处党员干部和国家工作人员中的腐败行为，保持惩治腐败的强劲势头。
中国针对不同时期腐败现象发生的特点，确定查办案件的重点。20世纪80年代，重点打击严重经济犯罪活动和利用价格“双轨制”非法倒买倒卖行为。20世纪90年代，以查办党政领导机关、行政执法机关、司法机关、经济管理部门和县(处)级以上领导干部的违法违纪案件为重点，着重查处贪污贿赂、挪用公款、失职渎职、贪赃枉法、腐化堕落等方面的案件，加大对金融、房地产、工程建设等领域案件的查处力度。进入21世纪，在继续坚持查处以上重点案件的同时，着重查办领导干部利用人事权、司法权、行政审批权、行政执法权等搞官商勾结、权钱交易、索贿受贿的案件，为黑恶势力充当“保护伞”的案件，严重侵害群众利益的案件，群体性事件和重大责任事故背后的腐败案件。
中国共产党纪律检查机关和政府监察机关始终坚持依法依纪查办腐败案件，做到事实清楚、证据确凿、定性准确、处理恰当、手续完备、程序合法。严格规范举报、受理、初核、立案、调查、审理、处分、执行、案件监督管理等各个环节，坚持文明规范办案，保障被调查人员的人身权、财产权、申辩权、申诉权和知情权等合法权益。人民检察院依法对贪污贿赂、渎职侵权等国家工作人员职务犯罪直接立案侦查，并代表国家向人民法院提起公诉。检察机关接受贪污贿赂、渎职侵权犯罪的举报和有关部门移送的案件后，及时对举报线索和案件材料进行审查和初步调查，有犯罪事实并需要追究刑事责任的，依照程序对案件立案侦查，依法查明犯罪嫌疑人的犯罪事实。案件侦查终结后，根据查明的事实和证据，依法作出处理，其中对犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，由人民检察院反贪污贿赂、反渎职侵权部门移送公诉部门审查后向人民法院提起公诉。2003年至2009年，各级人民检察院共立案侦查贪污贿赂、渎职侵权案件24万多件。在惩治受贿犯罪的同时，中国完善行贿犯罪档案查询系统，加大惩治和预防行贿犯罪力度。2009年，对3194名行贿人依法追究了刑事责任。
人民法院作为国家审判机关，依法独立行使审判权。在中国，未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。对于检察机关依法提起公诉的贪污贿赂渎职等腐败犯罪案件，人民法院依法进行审理，按照罪刑法定、法律面前人人平等、罪责刑相适应的原则定罪量刑。除涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私和未成年人犯罪外，人民法院审判案件一律公开进行，并保障诉讼参与人依法享有诉讼权利，保证被告人充分行使辩护权。在审判腐败犯罪案件的过程中，人民法院坚持对任何人犯罪在适用法律上一律平等的原则，不论腐败分子现任或曾任职务多高，只要构成犯罪就依法定罪处罚，既不允许其有超越法律的特权，也不因为其特殊身份和社会压力就加重处罚。
为准确适用法律、统一司法尺度，最高人民法院和最高人民检察院在总结贪污贿赂渎职等腐败犯罪案件审判和公诉经验的基础上，依法适时制定相关的司法解释，及时解决审判和公诉工作中出现的新问题，对指导各级人民法院和人民检察院正确审理、公诉案件，起到了重要作用。
中国集中开展治理商业贿赂专项工作。近年来，重点查处工程建设、土地使用权和探矿采矿权出让、产权交易、医药购销、政府采购、资源开发和经销等6大领域以及银行信贷、证券期货、商业保险、出版发行、体育、电信、电力、质检和环保等方面的商业贿赂行为，依法依纪打击跨国(境)商业贿赂行为。自2005年集中开展治理商业贿赂工作以来至2009年，全国共查处商业贿赂案件69200多件，涉案金额165.9亿元。
中国政府把纠正损害群众利益的不正之风作为反腐败的重要内容。针对一些地方和部门存在的乱涨价、乱收费、乱罚款、乱摊派等损害群众利益的行为，采取了专项治理措施。针对农村土地征收、城镇房屋拆迁、国有企业重组改制、医药购销和医疗服务中出现的损害群众利益，以及拖欠农民工工资等突出问题，采取专项检查等措施予以纠正。国家加快改革步伐，相继取消农业税和义务教育阶段收费，推行教育、医药卫生体制改革等一系列改革措施，为纠正损害群众利益的不正之风创造了条件。
中国政府逐步加大以行政首长为重点的行政问责力度，纠正执法不公、违法行政和有令不行、有禁不止、行政不作为乱作为等行为，对给国家利益、公共利益和公民合法权益造成严重损害的，依法依纪严肃追究责任。2009年发布《关于实行党政领导干部问责的暂行规定》，明确规定有决策严重失误、工作失职、管理监督不力等造成重大损失或恶劣影响的7种行为的，必须进行问责。2009年，共对7036名领导干部进行了问责。
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